System kontroli, stworzony przy wykorzystaniu wieloletnich doświadczeń na poziomie całej Unii Europejskiej zapewnia, że produkty oferowane na rynku ze znakiem „produkt rolnictwa ekologicznego” rzeczywiście pochodzą z gospodarstwa i przetwórni ekologicznych. Produkcja i kontrola ekologiczna podlega prawu Unii Europejskiej i jest regulowana Rozporządzeniem Rady EWG nr 2092/91, z dnia 01.01.93 r., w sprawie rolnictwa ekologicznego oraz znakowania jego produktów i środków spożywczych. Polski system kontroli w rolnictwie ekologicznym, który także podlega przepisom UE, składa się z 11 komercyjnych jednostek certyfikujących oraz organu państwowego, jakim jest Główny Inspektor Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych. Każda jednostka certyfikująca musi posiadać kompetencje i upoważnienie Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Jednym z warunków otrzymania tego upoważnienia jest akredytacja jednostki na zgodność z normą PN-EN 45011 „Wymagania ogólne dotyczące działania jednostek prowadzących systemy certyfikacji wyrobów”.
Produkty oferowane pod marką „Młyny Wodne” także poddane są takiej kontroli. Ale, jak wspomniano wyżej, ze względu na tradycyjny sposób przemiału zboża i wykorzystanie energii odnawialnej wody, produkty te spełniają bardziej zaostrzone kryteria „ekologiczności” niż te, których wymaga ustawa od zwykłych produktów ekologicznych.
Wielu rolników i przetwórców stosuje ekologiczne metody w sposób świadomy. Jednak dla konsumentów istotny jest inny fakt: wszyscy producenci ekologiczni, aby uzyskać certyfikat poddają się specjalnemu, rygorystycznemu systemowi kontroli. Tylko producenci poddani ścisłej kontroli mają prawo oznaczać swoje wyroby znakiem „produkt rolnictwa ekologicznego”. "Żywność ekologiczna" często bywa jednak mylnie określana jako "zdrowa żywność". Tymczasem pierwsza nazwa określa żywność certyfikowaną, a więc kontrolowaną przez specjalne, powołane specjalnie do tego celu organizacje; druga nazwa jest tylko nazwą marketingową i produkty określane tym mianem wcale nie muszą być produkowane metodami ekologicznymi.
